Las Galerías Punta Begoña están dañadas hoy día, pero no se caen. Aunque su estructura es estable, las paredes de las fachadas y los elementos decorativos presentan una gran degradación y, si no se actúa sobre ellos, pueden terminar sufriendo más daños con el tiempo. Por ello, los trabajos más urgentes de la UPV/EHU se han centrado en analizar las alteraciones y establecer protocolos de actuación en las zonas con mayor riesgo de desprendimiento.
Su principal problema, no obstante, es que han estado abandonadas durante mucho tiempo y han hecho mella en ellas la contaminación que reciben del entorno y el agua: los sistemas de drenaje de agua de las galerías se han dañado y el agua ha buscado sus propias vías de flujo alterando elementos importantes en el edificio debido a los compuestos que arrastra.
Parte de los materiales innovadores en su tiempo utilizados en su construcción hace casi cien años no han resistido bien el paso de los años. Claro que entonces no se podía saber cómo cambiaría el entorno de las galerías ni la respuesta a medio-largo plazo de algunos productos novedosos para aquella época. Sin embargo, otros materiales están como el primer día.
